К настоящему времени открыто более 50 генов, мутации в которых могут привести к развитию БАС (ALS2, ANG, ANXA11, ARHGEF28, ATL1, ATXN2, BSCL2, C9orf72, CDH13, CHCHD10, CHMP2B, DCTN1, ERBB4, FIG4, FUS, GBE1, GRN, HEXA, HNRNPA1,HSPD1,KIAA0196,KIF5A, MAPT, MATR3, NEFY, OPTN, PFN1, PRF1,PRPN, PSEN1, PSEN2, REEP1, SIGMAR1,SETX,SLC52A2, SLC52A3, SOD1, SPAST, SPG11,SPG20,SQSTM1,TARDBP,TBK1, TFG,TREM2, TUBA4A, UBQLN2,VAPB,VCP). Это говорит о генетической гетерогенности БАС и может быть причиной безуспешности многих КИ на объединенных группах больных с повреждением различных генов и различными патогенетическими механизмами. При этом выделяют генетический БАС (15%), когда у пациентов обнаруживаются те или иные патогенные мутации при секвенировании генома, и негенетический БАС, при котором они не обнаруживаются (85%). Одними из гипотез негенетического БАС являются гипотезы о роли человеческого эндогенного ретровируса К и бетаметиламиноаланина, токсина, выделяемого бактериями кишечника. Есть и другие гипотезы, однако пока всё остается только на уровне предположений.
Это же относится и к эпидемиологическим исследованиям факторов риска БАС. Относительно таких факторов как курение, употребление алкоголя, проживание в сельской местности, контакт со свинцом, резиной, органическими растворителями, нейротропными вирусами, отсутствие кофе в рационе, занятия атлетическими видами спорта, механическая травма, военная служба и т.д. достоверных данных не получено.